Janeiro de 1562. A Europa é o epicentro de uma verdadeira luta entre a luz e as trevas. Em Moscovo, Matthew Longstaff tenta cumprir a missão que lhe foi confiada: roubar um livro da biblioteca privada de Ivan, o Terrível. Longstaff trabalha para os Otiosi, um grupo clandestino de livres-pensadores determinado a manter acesa a chama do livre-pensamento que começa a expandir-se por toda a Europa. Também a trabalhar para os Otiosi encontra-se o médico e aventureiro Gaetan Durant, encarregado de obter um palimpsesto raro.

Numa Itália mergulhada na Contrarreforma os inquisidores do papa mostram-se determinados a destruir qualquer foco de conhecimento livre. O seu líder, Gregorio Spina, chefe censor e espião do papa, captura o líder dos Otiosi em Florença e tortura-o em busca de informações. Os segredos da Biblioteca do Diabo podem estar ao alcance de Spina, e os primeiros passos dados pela humanidade em direção ao Iluminismo correm o risco de serem apagados da História.